Il y a peu de travaux de Juan J. Linz qui ont provoqué autant de débats ou de polémiques que ceux portant sur les mérites comparés du présidentialisme et du parlementarisme. À un moment où les pays de l’Europe centrale et orientale, ainsi que ceux de l’ancienne Union Soviétique, s’émancipaient du régime de parti unique et s’interrogeaient sur l’évolution de leurs institutions politiques, Linz s’inquiétait des périls du régime présidentiel et louait les bienfaits du parlementarisme. Linz ne dit pas que les pays démocratiques avec régime présidentiel ne peuvent pas être stables. Il affirme seulement que les caractéristiques structurelles des régimes présidentiels les entraînent à connaître des crises. Mais selon lui, les crises des régimes parlementaires sont des crises de gouvernement, alors que les crises des régimes présidentiels ont des chances de devenir des crises de régime. Le choix opéré par Linz en faveur du régime présidentiel a fait l’objet de débats et de critiques. De nombreux auteurs ont tiré des enseignements complémentaires de la pratique des régimes présidentiels, surtout latino-américains. Ils ont passé au crible de l’analyse les différents facteurs d’explication avancés par Linz pour rejeter le régime présidentiel. Ils ont surtout souligné que les arguments institutionnels utilisés par Linz n’étaient pas suffisants pour expliquer l’instabilité des régimes présidentiels. Ils ont cherché d’autres causes institutionnelles (comme le système de partis), mais aussi pris en compte des facteurs politiques, économiques ou sociaux.