Un nombre important de recherches sur les politiques infranationales interviennent en réponse à des commandes et des appels d’offre élaborés à l’extérieur du champ académique. Cette situation soulève de sérieuses questions épistémologiques et méthodologiques en raison d’enjeux politiques sous-jacents et du risque de glissement de la comparaison vers une forme de benchmarking territorial. À la lumière de deux expériences comparatives (un travail de thèse sur la régionalisation ferroviaire en France cofinancée par une grande organisation ferroviaire et un projet sur les politiques locales de l’eau soutenu par la Commission européenne), nous analysons ce que ce type partenariat implique concrètement en matière d’enquête comparative et jusqu’où il demeure compatible avec la poursuite d’objectifs de recherche.